Program Studi Magister Pendidikan Matematika merupakan salah satu dari 47 Program Studi yang ada di Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan UNS sekaligus salah satu dari 43 program studi magister yang ada di UNS.

Magister Pendidikan Matematika UNS berdiri pada tanggal 18 Januari 2001. Penyelenggaraan kegiatan akademik dan non akademik dimulai pada bulan Agustus 2021 di bawah kepemimpinan Prof. Drs. Soeharjo, Ws. Secara structural, Program Studi Pendidikan Matematika UNS berdiri di bawah naungan Program Pascasarjana UNS dan pada tahun 2019 beralih di bawah naungan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan UNS. Kepemimpinan Program Studi S2 Pendidikan Matematika telah mengalami 4 (kali) kepemimpinan sejak pertama kali di dirikan, yaitu: Prof. Drs. Soeharjo, Ws., Prof. Dr. Budiyono, M.Sc., Dr. Mardiyana, M.Si., dan Dr. Budi Usodo, M.Pd.

Secara kontinu dan berkelanjutan, Program Studi Magister Pendidikan Matematika memantapkan jati diri dan terus meningkatkan kualitas demi tercapainya visi dan misi program studi. Akreditasi perdana pada tahun 2004 memperoleh status terakreditasi C dan pada tahun 2010 – 2021 berstatus terakreditasi B.