Program Studi Magister Pendidikan Matematika FKIP UNS didirikan bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki profil sebagai berikut: 1) Guru Sekolah Menengah: pendidik tingkat mahir dengan tugas utama mendidik, mengajar, membimbing, mengarahkan, melatih, dan mengevaluasi peserta didik pada Jenjang Pendidikan Sekolah Menengah; 2) Pendidik di Pendidikan Matematika Perguruan Tinggi dan widyaiswara: pendidik profesional dan ilmuwan dengan tugas utama mentransformasikan, mengembangkan, dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni khususnya pembelajaran matematika melalui pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat; 3) Peneliti madya pendidikan sekolah menengah: melakukan penelitian pendidikan di jenjang sekolah menengah dan memberikan rekomendasi kepada pengambil kebijakan di sekolah menengah.

Agar profil lulusan ini terbentuk, maka selama perkuliahan dilakukan proses agar lulusan memiliki kompetensi yang dipersyaratkan. Kompetensi adalah seperangkat tindakan cerdas, penuh tanggung jawab yang dimiliki seseorang sebagai syarat untuk dianggap mampu oleh masyarakat dalam melaksanakan tugas-tugas di bidang pekerjaannya. Kompetensi lulusan Program Studi Magister Pendidikan Matematika FKIP UNS mengacu pada Kepmendiknas No. 045/U/2002 Pasal 2 ayat 1 dibedakan atas kompetensi utama, kompetensi pendukung, dan kompetensi lainnya.

Struktur dan isi kurikulum yang disajikan pada Program Studi Magister Pendidikan Matematika FKIP UNS berjumlah 42 SKS, yang terdiri atas 8 SKS Mata Kuliah Umum (MKU), 4 SKS Mata Kuliah Dasar Kependidikan (MKDK), 14 SKS Mata Kuliah Keahlian Utama (MKKU), 6 SKS Mata Kuliah Keahlian Pilihan (MKKP) yang diambil dari 20 SKS yang tersedia, dan 10 SKS Mata Kuliah Tesis.